病理结合免疫组化诊断，应注意：① 首先排除其他部位恶性黑色素瘤（MM）(皮肤、眼)转移及邻近器官MM侵犯；② 瘤旁黏膜交界活跃是证明原发性的可靠依据；③ 镜检具MM形态特点。电镜见胞质内黑色素小体和特异性前黑色素小体；④ 免疫组化S100、HMB45、Vimeitin(+)；LCA、Keratin(一)支持诊断，但S100、HMB45(-)不能排除诊断；⑤ 依靠免疫组化鉴别诊断：癌(会阴Paget’S病侵犯尿道易误诊MM垂直生长期)、肉瘤、单一细胞形态肿瘤和良性肿瘤或瘤样病变(黏膜黑变病、不典型黑色素痣)等。女性原发性尿道恶性黑色素瘤易误诊为尿道肉阜、息肉、移形细胞癌、肉瘤、肉瘤样癌、尿道淋巴瘤等。