胸腺瘤患者的长期生存期差异很大。肿瘤分期是决定肿瘤复发及患者生存期的最重要的独立预后因素，不同分期患者5年生存率不同。Kondo等报道，I、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ期胸腺瘤患者5年生存率分别为100％、98％、89％、71％。肿瘤能否完全切除是影响预后的另一重要因素。有报道胸腺瘤的组织学分型也与患者预后有很大关系，Muller．Hermelink分类系统中，皮质型恶性度高于髓质型，预后较差；混合型的表现处于两者之间。WHO分类中，A、AB、B1型患者绝大多数可被治愈，B1型患者中90％、B2型中60％、B3型中约40％可被治愈。晚期胸腺瘤患者的生存期主要由有效的综合治疗方法决定，这种治疗往往能下调不可切除肿瘤的分期，从而使许多患者肿瘤得以完全切除。副瘤综合征也与患者预后有关，红细胞发育不良、低丙种球蛋白血症和系统性红斑狼疮是影响患者预后的不良因素，重症肌无力不会对胸腺瘤患者生存期产生负面影响。