无论是外科病理学还是肿瘤病理学诊断，都是根据临床表现、手术所见、肉眼变化和光镜下特征综合作出的。有时尚须结合免疫组织化学、流式细胞分析、自动图象分析、超微结构，甚至随访结果才能确诊，所以是一门依赖经验积累的诊断学科，随着不断的实践和总结经验才能逐步提高。

　　其次，活检标本、巨体取材和切片检查均属抽样检查，最终在光镜下见到的仅是病变的极小部分，有时不能代表整个病变，病理医师在诊断时和临床医师在阅读病理报告时均应加以注意。对手术切除标本，经组织病理学检查可发现5％以上是原来未知的疾病，因而应将每例标本均送病理检查。如阑尾炎切除标本中偶可见到类癌，切除的皮肤“黑痣”中可发现恶性黑素瘤或基底细胞癌等。

　　病理诊断必须密切结合临床所见和其他特殊检查，如妊娠期的宫颈微囊型腺体增生酷似腺癌，鳞形上皮基底细胞增生活跃可与原位癌相似。同时因为肿瘤的病理形态是多种多样，同一肿瘤可具有不同的形态变化，据此以区分亚型，而不同的病变亦可能在光镜下所见略同。

　　分化良好的恶性肿瘤有时在光镜下与富于细胞的良性肿瘤甚至生长活跃的瘤样病变几乎难以区别，临床医师必须清楚：组织病理学诊断也有一定的局限性，有时可产生诊断不足或诊断过头，偶尔也可能发生判断失误，若病理学诊断与临床不符，应及时与病理诊断医师联系，以便复查。对于病情复杂的病例，可举办由临床、影象诊断和病理医师共同参加的临床病理讨论会，共同商讨后妥善处理。