在西方，少于40％的胃癌可以行根治性切除，这其中又有40%-60%的患者将会复发，因此在分子生物学方面，目前研究较多的主要是针对进展期胃癌的预后方面的研究。2005年美国临床肿瘤协会(ASCO)年会上报告的关于胃癌的基础研究也主要集中在中晚期胃癌的预后上。
   
　　常用的检测方法是免疫组化和基因测序，常见的检测项目有Bcl-2、p53、Cox-2、HER-2、Epo-R、β-catenin、E-cadherin蛋白、组织金属蛋白酶－1抑制剂(TIMP-1)和S100A4，以及肿瘤血管形成(VEGF、VEGFR等)和杂合性丢失(LOH)的相关研究，主要研究它们表达异常与胃癌复发和转移发生率的关系。一项研究发现在根治术后复发的患者中多数Bcl-2和HER-2表达缺乏，β-catenin、E-cadherin(－)，p53、Cox-2和Epo-R过度表达。另外两项研究分别证实，胃癌术后接受辅助化疗的患者中，S100A4、TIMP-1高表达的患者复发率明显增高。
   
　　在血管形成的相关研究中发现，高表达VEGF患者预后较差，而血管内皮生长因子受体-2(VEGFR-2)的表达水平与预后关系未见显著性差异。
   
　　胃癌患者对于TRH会产生异常反应，称为生长激素异常反应(PR)，研究发现此异常反应在不同分期的胃癌中没有明显差别，但是PR(－)的胃癌患者复发率低于阳性的患者，提示PR可能是一个较好的胃癌预后指标。
   
　　AKT是抑制细胞自杀(细胞程序死亡)的一个调节因子，PTEN是在许多肿瘤细胞中出现的抑癌基因。研究发现AKT活化的患者更容易发生PTEN的LOH，且AKT活化的患者对于5－fu、ADM、顺铂类药物多表现为耐药或者敏感性降低。该研究也提示应用AKT抑制剂可能改善化疗药物的耐药。